В результате проведенных на кафедре исследований по лазерной тематике появилась возможность выполнять многие виды как самостоятельных лазерных пособий (транссклеральную лазеркоагуляцию цилиарного тела и сетчатки, деструкцию внутриглазных опухолей и новообразований вспомогательных органов), так и пособий в ходе витреоретинальных и других операций. Для этих целей применялись созданные специалистами Института лазерной физики двухволновая (1,06/1,32 мкм) и трехволновая (1,06/1,32/2,09 мкм) установки высокой мощности. По результатам этих работ неоднократно делались сообщения на научных конференциях, в частности, в 1995 г. профессор В.Ф. Даниличев был приглашен с докладом в Барселону на Европейскую Биомедицинскую Оптическую Неделю.
Офтальмоэргономические исследования. Дальнейшее развитие методов оценки функциональных возможностей зрительного анализатора получило в исследованиях, проводимых на кафедре офтальмологии Военно-медицинской академии в ряде диссертационных работ. С.А. Коскиным в 1994 г. защищена кандидатская диссертация на тему «Диагностические возможности и пути усовершенствования визоконтрастометрии». Разработанный метод позволил более точно оценивать тяжесть поражения, динамику и степень восстановления функций органа зрения в ходе лечения. На кафедре разработаны тестовые таблицы для исследования зрительных функций с использованием оптотипов, содержащих в своем пространственно-частотном спектре узкие диапазоны пространственных частот (Коскин С.А., 1994). Использование разработанных таб-лиц позволило существенно повысить качество профессионального отбора по целому ряду специальностей (летчики, операторы зрительного профиля). В эти годы создан, а затем и усовершенствован диагностический компьютерный комплекс «Эрготест», служащий как для диагностических, так и для лечебных целей, в том числе для тренировки зрения при привычно-избыточном напряжении аккомодации и амблиопии.
С.Ю. Голубевым выполнено диссертационное исследование на тему «Визоконтрастометрические и электрофизиологические показатели при острых отравлениях» (1995 г., научные руководители — профессора В.Ф. Даниличев и Ю.Е. Шелепин). Было показано значение проведения визоконтрастометрии при оказании специализированной медицинской помощи пораженным отравляющими веществами, установлена роль измерения контрастной чувствительности в области низких пространственных частот для оценки функциональных возможностей при воздействиях на зрительный анализатор самого разного типа травм и отравлений.
Применение пептидных биорегуляторов стали изучать в конце 80-х годов XX века. Этой проблеме посвящена кандидатская диссертация Л.А. Васильевой на тему «Применение ретилина для лечения пигментной периферической абиотрофии сетчатки» (1992), выполненной под научным руководством профессоров В.Х. Хавинсона и В.Ф. Даниличева. И.Б. Максимовым и В.Ф. Даниличевым (1994, 1996) была разработана система комплексной пептидной коррекции при травматических повреждениях органа зрения, опубликованная в совместной монографии «Травмы и заболевания глаз: применение ферментов и пептидных биорегуляторов» (1996). В результате изучения влияния пептидных биорегуляторов на структуры глаза удалось определить возможности терапевтического применения тималина, тимогена, препаратов вещества хрусталика и сетчатки при различной посттравматической патологии роговицы, хрусталика, в том числе в сочетании с микрохирургическими пособиями при тяжелых огнестрельных ранениях. Применение ретиналамина и кортексина позволяет повысить остроту зрения и функциональное состояние сетчатки, а также уменьшить реабилитационный период после тяжелых витреоретинальных травм.
Педагогическая, научная, лечебная работы и связь кафедры с войсками в период руководства ею профессором В.Ф. Даниличевым наиболее полно отражены сотрудниками в монографиях «Первая в России и вторая в мире кафедра офтальмологии» под редакцией профессора В.Ф. Даниличева (1994) и «Наука первой в России кафедры офтальмологии в конце ХХ столетия» (2000), приуроченной к 60-летию профессора В.Ф. Даниличева.
В 1998 г. после увольнения в отставку профессор В.Ф. Даниличев возглавил существенно реорганизованную им «Научно-исследовательскую лабораторию контактной коррекции зрения и микрохирургии глаза». В лаборатории начали активно выполняться плановые темы НИР по различным аспектам клинической офтальмологии.
Под руководством профессоров Э.В. Бойко и В.Ф. Даниличева завершена НИР на тему «Исследование по разработке новых контактных линз длительного ношения для личного состава ВС РФ», которая проводилось по распоряжению Главного военно-медицинского управления МО РФ совместно с Санкт-Петербургским филиалом Института катализа им. Г.К. Борескова Сибирского отделения РАН (Иванчев С.С., Павлюченко В.Н., 2005). Сотрудникам лаборатории удалось впервые в России создать материал для силикон-гидрогелевых мягких контактных линз. Для создания материала использовали принцип синтеза взаимопроникающих полимерных сеток, позволивший упростить технологию получение силикон-гидрогелей.
Под руководством профессора В.Ф. Даниличева проводились исследования контактных линз как носителей лекарственных средств. В том числе изучены закономерности сорбции и десорбции мягкими контактными линзами различных антибиотиков групп аминогликозидов, цефалоспоринов и фторхинолонов. Было выявлено, что применение мягких контактных линз, насыщенных фторхинолонами, обеспечивает поддержание терапевтической концентрации антибиотика в течение нескольких часов (Рейтузов В.А., 2009; Фокина Д.В., 2011).
Были разработаны полифункциональные лечебные мягкие контактные линзы, насыщенные дексаметазоном и фторхинолонами, которые предлагалось использовать в системе лечебно-эвакуационных мероприятий ВС РФ (Алекперов С.И., 2013). В настоящее время в лаборатории проводится работа по разработке технологии изготовления многофункциональных лечебных контактных линз в интересах Вооруженных Сил Российской Федерации.