В клинике офтальмологии ВМА был разработан витреолизоперфузионный способ ферментной витрэктомии. Способ заключался в введении в стекловидное тело глаза иммобилизированных форм коллагеназы и терридиказы за 15-30 мин. до начала витрэктомии. Вызванное коллализином и террилитином растворение патологически измененного стекловидного тела (витреолиз) и витреальных шварт способствовало проведению атравматичной для сетчатки витрэктомии. Для профилактики излишнего травматизма глазного яблока совместно с В.В. Волковым и И.Ю. Ограновским разработан порт для многократного введения лекарственных веществ — глазной ниппель (предшественник современных портов, применяющихся в витреоретинальной хирургии). Наряду с ферментным витреолизом для защиты сетчатки внутривенно вводились ингибиторы. Этот способ дал положительные результаты во всех наблюдениях, позволяя добиваться прибавки остроты зрения в среднем на 0,24. Совместно с сотрудниками НПО «Мединструмент» (г. Казань) был создан специальный набор инструментов, состоящий из трех глазных инъекционных устройств — глазных ниппелей, пинцета для глазного ниппеля и двухходового шприца. Это приоритетное не только для отечественной, но и мировой офтальмологии исследование, выполненное под руководством профессора В.В. Волкова, составило предмет докторской диссертации В.Ф. Даниличева на тему: «Обоснование и эффективность применения протеолитических ферментов при патологии глаз (клинико-экспериментальное исследование)» (1984).
Проведение исследований на кафедре осуществлялось в сотрудничестве с научными учреждениями Ленинграда и Москвы: Всесоюзным научно-исследовательским технологическим институтом антибиотиков и ферментов медицинского назначения (ВНИТИАФ), Институтом высокомолекулярных соединений (ИВС АН СССР), Ленинградским научно-исследовательским институтом вакцин и сывороток (ЛенНИИВС), Радиевым институтом им. В.Г. Хлопина АН СССР (РИАН СССР), Российским кардиологическим научным центром (РКНЦ РАН) и рядом других.
Совместно с лабораторией генной инженерии Российского кардиологического научно-производственного комплекса (РКНПК) МЗ РФ (заведующий — Р.Ш. Бибилашвили) выполнены научно-исследовательские разработки в 1985—1990 гг., которые показали принципиальную возможность синтеза функционально активной рекомбинантной проурокиназы человека в бактериях E. сoli. Под руководством профессора В.Ф. Даниличева адъюнктом кафедры офтальмологии Э.В. Бойко было проведено исследование, которое составило фрагмент кандидатской диссертации «Оптимизация витреальных вмешательств при гемофтальме», защищенной в 1994 г. Впервые в эксперименте было изучено тромболитическое, фибринолитическое и токсическое действие рекомбинантной проурокиназы при интравитреальном введении. Кроме того, была открыта возможность снижения дозы вводимого препарата при его сополимеризации с олигомерным сывороточным альбумином в 10-15 раз, по сравнению с нативной формой, без снижения терапевтического эффекта. Как результат научных исследований в НПО «Техноген» (директор — А.А. Белогуров) была создана лекарственная форма современного фибринолитического профермента — препарат гемаза. Изучение возможности энзимотерапии в офтальмологии на уровне проферментов продолжилось под руководством Э.В. Бойко: проводились уже клинические испытания созданной гемазы (Э.В. Бойко, а впоследствии и Т.Г. Сажиным). В рамках клинических испытаний препарат показал безвредность в рекомендованных дозах и высокую активность его как фибрино- и тромболитика при фибриноидном синдроме, при остром нарушении кровообращения в сосудах сетчатки, при гемофтальме, а также при фибринозно-пластическом иридоциклите, что позволило рекомендовать применение препарата в широкой офтальмологической практике.
Профессором В.Ф. Даниличевым проводилось также изучение эффективности системной энзимотерапии при патологии глаз. В рамках этой работы изучался препарат вобэнзим, который оказался эффективным при нарушениях кровообращения в сосудах сетчатки, внутриглазных кровоизлияниях. Исследование эффективности ферментной терапии при увеитах и иридоциклитах было обобщено в диссертации М.Р. Чшиевой, выполненной под руководством профессора В.Ф. Даниличева и д.м.н. А.А. Соколова на тему «Комплексная диагностика и комбинированное лечение больных хроническим рецидивирующим увеитом» (2012). По этой проблеме применения ферментов в офтальмологии изданы три монографии, одна из которых «Патология глаз. Ферменты и ингибиторы» (1996), более подробное и расширенное изложение ферментотерапии нашло свое отражение в монографии «Офтальмология. Энзимотерапия и экстракорпоральная гемокоррекция» (2002). Изучение офтальмоэнзимологии принесло профессору В.Ф. Даниличеву всероссийскую известность. В настоящее время разработанные им технологии применения препаратов либо уже широко используются, либо начинают активно внедряться (интравитреальные инъекции, ферментный витреолиз и другие). Отдавая должное приоритетам, работы профессора В.Ф. Даниличева широко и многократно цитируются в отечественной и зарубежной литературе.
Лазерное направление лечебной и научной деятельности на кафедре офтальмологии является одним из приоритетных. Под руководством профессора В.Ф. Даниличева были защищены две докторские и две кандидатские диссертации. Многие разрабатываемые проблемы были новаторскими.
Так, начатое профессором Л.И. Балашевичем в Военно-медицинской академии исследование по изучению возможностей диодного лазера (0,67 мкм) в офтальмологии, созданного под руководством лауреата Нобелевской премии, академика Ж.И. Алферова, завершилось внедрением его в офтальмологическую практику. Исследования по этой проблеме, при научной консультации профессора В.Ф. Даниличева, были подытожены в 1996 г. защитой Л.И. Балашевичем докторской диссертации в виде научного доклада «Создание и изучение эффективности применения аргонового и диодного лазеров при патологии глазного дна». В этой работе после глубокого анализа опыта лечения больных аргоновым лазером в ВМА был сделан вывод о том, что диодный лазер не уступает аргоновому по своей лечебной эффективности, а по ряду биомедицинских и технических характеристик превосходит его. Диодный лазер, обладающий малыми габаритами, высоким КПД и невысокой стоимостью, вошел в практику отечественной офтальмологии и рассматривается как военно-полевой вариант оснащения медицинской службы. Проведен поиск новых путей реализации преимуществ диодного лазера, прежде всего за счет расширения средств доставки его излучения: эндолазерных, транссклеральных, с помощью налобного бинокулярного офтальмоскопа (Бойко Э.В., 1994). В выполненной докторской диссертации А.Ф. Гацу «Инфракрасные лазеры (1-З мкм) в хирургии наружных отделов глаза», при научной консультации профессора В.Ф. Даниличева, на основе экспериментальных данных и на опыте лечения более тысячи больных были показаны роль и место линии инфракрасных лазеров для хирургического лечения рефракционных, воспалительных, инфекционных, дистрофических, а также онкологических заболеваний век, конъюнктивы, роговицы, слезных органов. Доказано, что ряд проблем онкологии вспомогательных органов глаза также успешно решаются при наличии возможности выбора оптимальной длины волны излучения и методики воздействия. В кандидатской диссертации Э.В. Бойко «Оптимизация витреальных вмешательств при гемофтальме» (1994 г., научный руководитель — профессор В.Ф. Даниличев) в эксперименте и клинике обоснована полостная лазерная хирургия и была показана возможность интраокулярного применения режущих свойств гольмиевого лазера (длина волны — 2,09 мкм) для рассечения шварт в стекловидном теле. Проведен ряд экспериментов по разрушению ядер хрусталиков лазерным излучением среднего и дальнего ИК-диапазона и сделан вывод о перспективности этих длин волн для внутриглазной хирургии (Даниличев В.Ф. и др., 1993). В диссертационном исследовании Д.В. Ганина «Лазерная склеростомия в эксперименте» (1994), выполненном под руководством профессора В.Ф. Даниличева, отразились поисковые направления в лечении глаукомы, в частности, возможность фистулизации камер глаза с наименьшей травматичностью и инвазивностью.