Под руководством профессора В.Ф. Даниличева началась разработка проблемы современной и комплексной витреоретинальной хирургии боевых повреждений органа зрения, создана технология витреоретинальной хирургии с применением витреоэктомических систем и высокочистых перфторорганических соединений (Куликов А.Н., 1996; Чурашов С.В., 1997), проводилось дальнейшее изучение возможностей применения лазеров при гемофтальме (Бойко Э.В., 1994). В 1996 г. В.Ф. Даниличевым на кафедре был организован нештатный витреоретинальный центр (утвержден директивой начальника ГВМУ МО РФ). Он был оснащен всем необходимым для витреоретинальной хирургии: операционными микроскопами с аксиальным освещением, витреотомами, перфторорганическими жидкостями, эндолазером.
В дальнейшем по инициативе профессора В.Ф. Даниличева и доцента М.М. Шишкина, возглавившего кафедру офтальмологии в 1997 г., были организованы витреоретинальные центры в ВС РФ (кафедра офтальмологии ВМедА, ГВКГ им. Н.Н. Бурденко), окружные военные госпитали (Ростов-на-Дону, Хабаровск). Комплексная технология современной системы витреоретинальной хирургии была существенно расширена и дополнена благодаря экспериментально-клиническим и патоморфологическим исследованиям, проведенным на кафедре в период 1994—2000 гг. Этому способствовали, прежде всего, материалы исследований по докторской диссертации М.М. Шишкина, выполненных при научной консультации профессора В.Ф. Даниличева, «Передняя пролиферативная витреоретинопатия (патогенез, лечение)». В своей докторской диссертации М.М. Шишкиным были раскрыты основные биомеханизмы развития передней пролиферативной витреоретинопатии — ведущего звена неудач хирургического лечения витреоретинальной патологии, выявлены причины, способствующие ее развитию, создана динамическая классификация передней пролиферативной витреоретинопатии с выделением четырех стадий процесса с соответствующими клиническими проявлениями, предложены способы целенаправленного воздействия на каждое из них.
Опыт обеспечения офтальмологической помощи во время локальных конфликтов на Северном Кавказе нашел свое отражение в «Указаниях по военно-полевой хирургии», изданных в 2000 г. (глава по повреждениям глаз написана в соавторстве с М.М. Шишкиным), а также в монографии «Медицинская реабилитация раненых и больных», вышедшей в 1997 г. (глава написана совместно с Н.А. Ушаковым, Р.И. Коровенковым, М.М. Шишкиным, Д.С. Горбачевым, С.А. Новиковым).

В.Ф. Даниличев и Б. Кармаль. Кабул, 1985 г.
Медицинскому оказанию офтальмологической помощи в мирное время посвящена кандидатская диссертация Н.С. Крячко, выполненная под руководством профессора В.Ф. Даниличева в 3-м Центральном военном клиническом госпитале на тему: «Совершенствование оказания офтальмологической помощи в многопрофильном госпитале» (2005). Он провел медико-экономическое обоснование создания на базе отделения в госпитале офтальмологического центра. Создание такого центра, организованного в Вооруженных Силах Российской Федерации, позволяет своевременно и качественно оказывать высокотехнологичную помощь военнослужащим, пенсионерам Министерства обороны, способствует концентрации дорогостоящего оснащения, значительно улучшает показатели лечебного процесса.
Внедрение новых методов лечения с помощью витреоретинальной и лазерной техники, богатый опыт специалистов кафедры и необходимость подготовки соответствующих специалистов для медицинской службы ВС РФ привели к организации профессором В.Ф. Даниличевым в 1995 г. учебных циклов для повышения квалификации врачебного состава «Витреоретинальная хирургия» (куратор — М.М. Шишкин) и «Лазеры в офтальмохирургии» (куратор — Э.В. Бойко), «Рефракционная хирургия» (кураторы — М.М. Шишкин и М.М. Дронов).
Вопросы классификации комбинированных и сочетанных повреждений органа зрения, в частности, тактики офтальмохирургического лечения, военно- и медико-социальной экспертизы и реабилитации нашли отражение в монографии, изданной под редакцией В.Ф. Даниличева «Современная офтальмология: руководство для врачей», которая является энциклопедией военной офтальмотравматологии.
В ее создании приняли участие сотрудники и многие питомцы кафедры. Монография издана в 2000 г. (второе издание в 2009 г.). Она была переведена на английский язык и нашла широкое распространение в Канаде и Израиле.
Работы сотрудников кафедры по организации офтальмологической помощи и офтальмотравматологии остаются ведущими концептуальными трудами, определяющими стратегию оказания помощи при повреждениях органа зрения. На сегодняшний день кафедра офтальмологии ВМА является признанным центром офтальмотравматологии в России, и громадный вклад в этом принадлежит профессору В.Ф. Даниличеву и его ученикам.
Из многих научных направлений на кафедре офтальмологии ВМедА развитие энзимологии было всегда одним из сложных. Уже адъюнктом кафедры В.Ф. Даниличев активно включился в продолжение исследований по использованию протеолитических ферментов при ожогах глаз. Первое печатное издание по данному направлению «Протеолитические ферменты в терапии повреждений и заболеваний глаз» вышло еще в 1980 г. В нем нашли отражение первые научные исследования по созданию ферментного препарата коллализина и возможности его применения для профилактики и лечения послеожогового симблефарона, которые относятся к 1972 г.
Следует подчеркнуть особую роль профессора В.Ф. Даниличева в разработке иммобилизованных форм ферментов. Нативные ферменты, как правило, быстро инактивируются системой ингибиторов организма, что требует многократных инъекций ферментных препаратов, и как следствие — появление различной выраженности аллергических реакций. Перечисленные недостатки энзимотерапии могут быть устранены применением иммобилизованных форм протеолитических ферментов. Экспериментальные и клинические исследования, проведенные В.Ф. Даниличевым в 1972—1975 гг., показали высокую эффективность коллализина как средства профилактики развития или устранения сформировавшейся рубцовой ткани между веком и глазным яблоком после ожога конъюнктивы. Фармакологический комитет СССР разрешил применение коллализина в клинической практике. Тем, кто знаком с прохождением разработанного фармакологического препарата от его создания до прихода в клиническую практику, известно, какие многолетние усилия требуется для этого предпринимать.
Возможность проведения ферментного разрушения хрусталика — факолиза — с сохранением капсулы хрусталика и последующим заполнением ее жидкими полимерами также изучалась В.Ф. Даниличевым. Он выяснил, что в этих целях целесообразно использовать террилитин; он также участвовал в разработке иммобилизованной формы этого фермента — терридеказы. Совместно с С.Н. Даниличевым и А.Н. Васютинским было разработано устройство для интралентального введения препарата, вызывающего факолиз с сохранением капсулы хрусталика.