д.м.н., профессор, член-корреспондент АМН СССР
После окончания в 1921 г. медицинского факультета Московского университета работал в клинике глазных болезней под руководством В.П. Одинцова (с 1924 по 1926 гг. – ассистентом, с 1926 г. – приват-доцентом).
С 1925 по 1927 гг. занимался научной работой под руководством профессора Аксенфельда в клиниках Германии. Работал у профессора Зайделя, был избран членом Гейдельбергского офтальмологического общества.
В 1929 г. А.Я. Самойлов был назначен заведующим кафедрой глазных болезней Харьковского медицинского института, где проработал до 1939 г.
С 1939 по 1952 гг. являлся заведующим кафедрой 1-го Московского медицинского института. С 1944 по 1949 гг. – одновременно заведующий офтальмологическим отделением института нейрохирургии АМН СССР, с 1952 г. – консультант в этом институте.
С 1944 г., после смерти академика М.И. Авербаха, и по 1952 г. редактором журнала «Вестник офтальмологии» был утвержден А.Я. Самойлов. В опубликованных работах подводил итоги военной офтальмологической практики.
В журнале освещалась интересная дискуссия о необходимости зашивания роговичных и склеральных ран вместо принятой в тот период конъюнктивальной пластики по Кунту.
Дискуссия началась после статьи профессора Э.Ф. Левкоевой «Раневой процесс в глазу», в которой доказывалась необходимость наложения швов.
А.Я. Самойлов – автор более 210 печатных работ, в т.ч. 6 монографий, посвященных главным образом разработке методов диагностики, эффективного лечения и профилактики туберкулеза глаз (очаговая туберкулезная проба), проблемам внутриглазного давления, патогенеза и диагностики глаукомы, нейроофтальмологии. Он изучал внутриглазной обмен, питание и кровообращение глаза, патологию цветоощущения. Им предложена разгрузочная пилокарпиновая проба для ранней диагностики глаукомы.
Он изобрел зеркальный капсульный монометр, разработаны квантитативная папиллометрия для определения стадии развития застойного диска зрительного нерва и локальная папиллография. Он впервые описал феномен профессиональной анестезии роговой оболочки у токарей.
Вместе с Н.Е. Браунштейном Александр Яковлевич написал учебник «Введение в офтальмологию», совместно с А.Б. Кацнельсоном изучались туберкулезно-аллергические заболевания глаз и их связь с общим состоянием организма.
Под руководством А.Я. Самойлова подготовлено 15 докторов и более 40 кандидатов наук. Его ученики заведовали кафедрами офтальмологии: профессор Н.Е. Браунштейн – в Челябинске, профессор А.Н. Добромыслов – в Ленинграде, профессор А.Б. Кацнельсон – в Челябинске, профессор О.Б. Ченцова – в Москве.
Он был редактором редакционного отдела «Офтальмология» во 2-м издании БМЭ.
На протяжении многих лет Александр Яковлевич был членом правления Московского и Всесоюзного научных обществ офтальмологов.