Приват-доцент А.В. Ходин написал пособие по глазным болезням «Практическая офтальмология» (1879), посвятив её в знак благодарности и уважения своему учителю, профессору Э.А. Юнге. С 1879 по 1899 гг. вышло 5 изданий этого пособия. Он также опубликовал работу «Офтальмоскопия и ее применение к офтальмологии и общей медицине» (1880) и «Курс глазных болезней» (1881).
К числу важных заслуг Э.А. Юнге следует отнести дальнейшее активное внедрение в учебный процесс офтальмоскопии, начатое в 1858 г. И.И. Кабатом в госпитальной клинике офтальмологии.
Э.А. Юнге ходатайствовал перед Конференцией академии о выдаче выпускникам академии офтальмоскопов, которые вместе со стетоскопом и термометром позволяли бы лекарю проводить диагностику заболевания у больного. Медицинский департамент Военного Министерства подготовил Указ Императора Александра II о выдаче офтальмоскопов студентам после окончания курса обучения, который был издан в мае 1861 г.
Традиция, когда каждому выпускнику академии, вместе с дипломом вручали ручной зеркальный офтальмоскоп, сохранялась многие годы, вплоть до 60-х годов XX в.
Диагностике заболеваний с помощью офтальмоскопии стали придавать настолько важное значение, что в 1878 г. на Конференции академии внесли предложение создать самостоятельную кафедру офтальмоскопии. Э.А. Юнге не без труда удалось убедить коллег в нецелесообразности выделения офтальмоскопии из учения о глазных болезнях.
Э.А. Юнге стоял у истоков высшего женского медицинского образования в России. При ИМХА в 1872 г. стараниями Главного военно-медицинского инспектора Н.И. Козлова были открыты «Курсы учёных акушерок». Это были первые высшие женские медицинские курсы не только в России, но и в мире. Э. А. Юнге начал читать лекции, а после перевода курсов на базу Николаевского клинического военного госпиталя, преподавание перепоручалось его ассистентам.
В 1861 г. по рекомендации П.А. Дубовицкого Э.А. Юнге был назначен профессором-консультантом военных госпиталей, что давало ему возможность переводить больных в глазные клиники как для лечения, так и для учебного процесса.
При кафедре офтальмологии в академии 8 января 1861 г. открыта академическая (факультетская) клиника на 24 койки, в которой Э.А. Юнге внедрил в практику современные для того времени хирургические вмешательства. Клиника располагалась вначале в клиническом военном госпитале на берегу Невы, а 23 декабря 1873 г. переведена Михайловскую клиническую больницу, построенную на средства, завещанные бывшим Президентом академии баронетом Я. В. Виллие, в которой разместились все академические (факультетские) клиники.
Академическая окулистическая клиника занимала площадь 150,08 кв. саженей, располагалась на верхнем этаже правого бокового флигеля больницы. В клинике были развёрнуты кабинет заведующего клиникой, кабинет ассистента с приёмной комнатой, буфетная, вспомогательные помещения, квартиры фельдшера и надзирательницы. В середине 80-х г. XIX в. были организованы лаборатории для микроскопических, физиологических и патологических исследований. В клинике было восемь палат на 20 больных: две палаты на 4 и шесть палат на 2 человека. На каждого больного приходилось 4,45 кубических саженей воздуха. Вентиляция вытяжная. Отопление осуществлялось голландскими печами и каминами. Освещение было газовым, а в 90-х годах XIX в. заменено на электрическое.
На продовольственное содержание больного полагалось 33 копейки в день. Из 20 коек 4 были платными (от 45 до 60 рублей в месяц). Отбор больных осуществлялся с учётом лечебных и учебных интересов.
Клиника работала в течение 9 учебных месяцев. Прием стационарных больных начинался в сентябре и оканчивался во второй половине апреля. В нижнем этаже здания находились помещения для практических занятий студентов и врачей офтальмоскопией, а также помещение для проведения амбулаторных операций. Амбулатория работала до 1 июня. В клинике по штату числились профессор, ассистент, фельдшер, надзирательница, два служителя и четыре сиделки.
Приём больных производился 4 раза в неделю ассистентом клиники. Операции проводились дважды в неделю, на них разрешалось ассистировать прикомандированным для обучения врачам.

Рис.11. Современный вид на Клинический военный госпиталь. Клиника офтальмологии размещалась на первом этаже здания. Фото Ю.Е. Шелепина
Благодаря усилиям избранного в 1872 г. академиком ИМХА Э.А. Юнге клиника была оснащена современными на тот период инструментами и приборами для исследования органа зрения, а также для проведения морфологических исследований. С этой целью для клиники в 1874 г. было выделено 1028 рублей (на оснащение всех клиник в Михайловской больнице было выделено 3 000 рублей), а в последующем выделялось до 300 – 600 рублей ежегодно.
В 1869 г. после перевода И.И. Кабата на вышестоящую должность профессор Э.А. Юнге также возглавил госпитальную офтальмологическую клинику. В ней были палаты для офицеров, солдат, гражданских лиц благородного происхождения и простолюдинов. В помощь Э.А. Юнге ассистентом был назначен Н.И. Тихомиров.
Для улучшения и расширения научных исследований в 1871 г. Э.А. Юнге организовал при госпитальной клинике виварий (животник), на его содержание отпускалось 60 – 100 рублей в год.
Под руководством Э.А. Юнге было подготовлено более 30 диссертаций.
Столь значительное даже для руководителей современных кафедр количество подготовленных научных работ было обусловлено тем, что с 1858 г. в ИМХА стали оставлять 10 лучших её выпускников для подготовки диссертации доктора медицины (так называемый «профессорский институт»). Они прикомандировывались к клинике ИМХА на трехлетний срок для написания научной работы под руководством профессора. Трех лучших выпускников «профессорского института», отправляли на два года за границу для ознакомления с постановкой научного, учебного и лечебного дел в ведущих университетах и клиниках Европы. После этой командировки они, как правило, зачислялись в постоянный состав клиники.
Остальные молодые доктора медицины, которых не командировали за границу, направлялись в распоряжение Военно-медицинского ведомства на руководящие должности. Количество выполненных диссертационных работ в академии резко возросло.
Основные направления научных исследований академика Э.А. Юнге: анатомия и гистология органа зрения, физиология зрения, физиологическая оптика. Многие работы были выполнены на высоком методическом уровне, соответствующем европейским стандартам.
Нормальной и патологической анатомии, гистологии органа зрения были посвящены докторские диссертации В.П. Розова «О зернистом глазном пигменте человека и некоторых млекопитающих животных» (1862); И.П. Суворова «О нервных сплетениях и нервных ячейках в радужной оболочке глаза» (1862); И.И. Белецкого «О грануляциях на соединительной перепонке век или о так называемой Ophthalmia Militaris» (1863); П.П. Пелехина «Фонтанов канал, несправедливо называемый Шлеммовым» (1865); Н.П. Бетлинга «О новообразованиях сетчатой оболочки глаза (Pseudoplasmata Retinae)» (1866); Н.Ф. Толочинова «Об окончании нервов в эпителиальном слое роговой оболочки человека» (1867); В.А. Миллиота «Опыт возрождения нормального хрусталика у некоторых млекопитающих животных, после удаления его лоскутным сечением» (1868); М.П. Николаева «К гистологии роговой оболочки человеческого глаза» (1868); А.М. Руднева «О стекловидных образованиях в сосудистой оболочке человеческого глаза и о стекловидном перерождении сосудов её» (1869); А.А. Потехина «О клетках стекловидного тела» (1879); С.В. Посадского «Патолого-анатомические изменения сетчатки при некоторых общих заболеваниях» (1882).
Не менее важное значение придавалось научным исследованиям в области физиологии, фармакологии и физиологической оптики. Были выполнены диссертационные исследования М.И. Меморского «О влиянии местных условий на кровообращение и о явлениях диффузии внутри глаза» (1863); Г.Г. Прозорова «О физиологическом действии лекарственных веществ на слизистую оболочку век в гистологическом отношении» (1863); К.А. Котовича «О влиянии некоторых лекарственных веществ на соединительную оболочку век» (1865); А.Д. Марсикани «Исследование Мариоттова пятна глаза» (1866); Н.И. Тихомирова «Материалы для изучения вопроса о явлениях диффузии чрез живую роговую оболочку» (1867); В.И. Добровольского «Прибавление к учению об аномалиях рефракции и аккомодации глаза» (1868); Э.Г. Траутфеттера «Определение путём физиологического опыта нерва, заведующего приспособлением глаза» (1868); Н.В. Ушакова «О границах поля зрения в глазах с различным преломлением» (1868); П.И. Гольдгаара «Опыт определения наименьших количеств рассеяного света, ощущаемого глазом» (1869); В.В. Киселева «К вопросу о проникании жидкостей через роговую оболочку живого глаза» (1869); И.Г. Демченко «К физиологии отделения и проведения слёз» (1871); М.И. Рейха «Материалы для определения границ поля зрения и условий мышечной работы в глазах с различным преломлением» (1871); В.П. Рубашкина «О влиянии общих кровопусканий на травматическое воспаление роговой оболочки и о регенерации эпителия на язвенной поверхности её» (1871); Г.А. Миткевича «К вопросу об остроте центрального зрения и отношении его к границам поля зрения в глазах различной рефракции» (1874); А.А. Гена «Об остроте зрения и интенсивности светового ощущения на периферии сетчатки» (1875); А.А. Никитина «К вопросу о количественном определении цветоощущения» (1879); Д.Н. Данилова «К вопросу об аномалиях цветоощущения» (1880); Д.И. Белова «Материал к учению об условиях динамического равновесия наружных и внутренних прямых мышц в глазах различной рефракции» (1881); Л.М. Хацкелевича «Фармакологическое и терапевтическое значение пилокарпина вообще и в офтальмологии в частности» (1881).
Ученики профессора Э. А. Юнге внесли существенный вклад в развитие отечественной офтальмологии, их работы широко цитировались в трудах отечественных и зарубежных офтальмологов.
Четыре ученика академика Э. А. Юнге стали ординарными профессорами.